【DISC 1】
01「その日、彼はここに来た」
02「ぼくわかしこくなりたい〜チャーリィ・ゴードン、彼は相応しいか」
03「君の心を測りたい」
04「迷路の中のねずみ〜ぼくがぼくでなくなるとき」
05「神様にお祈りを」
06「ぼくわかしこくならない」
07「ようこそドナーズ・ベーカリー」
08「教えてあげる〜僕は変わってゆく」
09「粉練り機の奇跡〜あいつは変わった」
10「チャーリィの困惑」
11「男の子は恋をする」
12「チャーリィ・ゴードンの恋」
13「ささやかな不正」
14「今は見える、世の中が」
15「チャーリィとギンピィ〜彼は目覚めた」
16「ダンス」
17「さよならドナーズ・ベーカリー」
18「賢くあれと思い召せば」
19「彼はラハジャマティを知らない」
20「今のままでは」
21「檻の外へ」

【DISC 2】
01「自分のために」
02「鍵はかけていないから、どうぞ」
03「アンダースコア」
04「彼女は非常階段」
05「雌ネズミのミニィ」
06「電話がそこに」
07「失われたチャーリィ・ゴードン」
08「誰なら許せるの？」
09「チャーリィズ・コンチェルト」
10「彼女はあなたを愛している」
11「わたしと踊って〜アルジャーノンは賢いネズミ〜僕は賢くならない」
12「お帰り、研究室」
13「Warren Requiem」
14「午前四時の発見〜アルジャーノンに花束を」
15「アルジャーノンに花束を」（チェイサー）
16「理髪店３ドル５０セント」
17「失われた家族、失われた自分」
18「僕が僕でなくなるとき」
19「見えるのは、世界」
20「終曲・ぼくはかしこくなりたい」
21「ファンタジックワルツ『アルジャーノンに花束を』」